Walaupun perhatian media yang berterusan, Mukerji kekal menjaga tentang kehidupan peribadinya. Tidak seperti selebriti lain, Mukerji mengehadkan interaksi beliau dengan media dan kadangkala dilabel bertapa; katanya dalam satu temu bual 2011, "Pelakon hari ini telah menjadi lebih terbuka dengan media. Tetapi ini telah menimbulkan masalah kepada pelakon seperti saya kerana jika saya tidak berbuat demikian, maka saya akhirnya dipanggil bertapa. Jadi sekarang saya telah berubah diri saya dan saya mudah didekati." Mukerji telah bekerjasama dengan kerap dan mengekalkan persahabatan rapat dengan pelakon Shah Rukh Khan dan Aamir Khan, dan pembikin filem Karan Johar. Sifat hubungan Mukerji dengan pembikin filem Aditya Chopra adalah topik laporan tabloid di India, walaupun beliau enggan bercakap secara terbuka mengenainya. Pada 21 April 2014, beliau berkahwin dengan Chopra pada satu majlis persendirian di Itali. Pada 9 Disember 2015, Mukerji melahirkan seorang anak perempuan mereka, yang dinamakan Adira.

Di samping kerjaya lakonannya, Mukerji telah terlibat secara aktif dengan beberapa sebab-sebab kemanusiaan dan lantang bersuara tentang isu-isu yang dihadapi oleh wanita dan kanak-kanak. Mukerji telah dilantik sebagai duta oleh Procter & Gamble dan Hak Kanak-kanak NGO dan Anda untuk usaha sama mereka, Shiksha, untuk menyokong perjuangan pendidikan kanak-kanak. Pada tahun 2011, beliau menubuhkan Tabung Rawatan Strok, dengan kerjasama Persatuan Strok India, untuk membayar untuk rawatan pesakit strok yang terjejas dari segi kewangan.

Mukerji telah membuat penampilan awam untuk menyokong badan amal dan sebab-sebab lain. Pada bulan Mac 2004, beliau melawat unit tentera India di Pokaran, Rajasthan untuk berinteraksi dengan tentera Jawan, bagi rancangan realiti NDTV Jai Jawan. Sedekad kemudian, pada bulan Ogos 2014 beliau melawat jawan sekali lagi di Baramulla. Pada bulan Februari 2005, Mukerji dan beberapa pelakon Bollywood yang lain mengambil bahagian dalam Konsert Teleton HELP 2005! untuk mengumpul wang untuk mangsa gempa bumi dan tsunami Lautan Hindi 2004. Pada bulan Mac 2006, Mukerji meraikan hari lahirnya dengan kanak-kanak kelainan daripada Institut Helen Keller; beliau sebelum ini pernah bekerja dengan mereka semasa menyediakan untuk peranannya dalam Black. Pada bulan November 2010, beliau adalah sebahagian daripada lelongan mengumpul dana untuk kempen amal "Because I am a Girl". Pada tahun 2014, Mukerji menghadiri majlis makan malam amal pada penderaan kanak-kanak di London, di mana beliau telah dibawa oleh Putera Charles untuk meningkatkan kesedaran mengenai isu itu melalui kerja-kerja beliau dalam Mardaani.

Mukerji telah mengambil bahagian dalam beberapa lawatan konsert dan majlis anugerah televisyen. Jelajah konsert pertama, "Magnificent Five", adalah pada tahun 1999, yang mana beliau berkongsi pentas dengan pelakon Aamir Khan, Aishwarya Rai, Akshaye Khanna dan Twinkle Khanna. Konsert "Temptations 2004" mempunyai Mukerji mengadakan persembahan bersama Shah Rukh Khan, Saif Ali Khan, Preity Zinta, Arjun Rampal dan Priyanka Chopra dalam sembilan belas pentas persembahan seluruh dunia. Pada tahun berikutnya, beliau mengambil bahagian dalam konsert "Temptations 2005" di New Delhi bersama Shah Rukh Khan, Fardeen Khan, Ameesha Patel dan Malaika Arora Khan; rancangan tersebut dianjurkan untuk membantu mengumpul dana untuk Pusat Nasional Promosi Pekerjaan Untuk Orang Kurang Upaya (NCPEDP). Pada tahun 2010, Mukerji mengadakan persembahan pada konsert di Stadium Tentera Dhaka, Bangladesh dengan beberapa pelakon Bollywood termasuk Shah Rukh Khan, Rampal dan Isha Koppikar. Bagi konsert "Temptations Reloaded" tahun 2012 di Jakarta, Mukerji berkongsi pentas bersama Shah Rukh Khan, Zinta dan Bipasha Basu, untuk konsert 2013 dengan nama yang sama di Auckland, beliau mengadakan persembahan dengan Shah Rukh Khan, Madhuri Dixit dan Jacqueline Fernandez, dan dalam 2014 beliau mengadakan persembahan di Malaysia dengan Shah Rukh Khan, Dixit, Yo Yo Honey Singh dan Arijit Singh.